A Associação Bê-a-Bá do Cidadão tem estrutura colegiada, tendo como instância máxima de poder a Assembléia Geral. O Bê-a-Bá é dividido em cinco diretorias: Administrativa, Financeira, Comunicação, Educação e Acervo. O trabalho é dividido por Times ou Células, de acordo com os processos-chave da Associação: Time de Educação, Time de Gestão de Recursos e RH, Time de Comunicação e Time de Projetos. Os/as diretores/as são eleitos de dois em dois anos pelos associados.

O trabalho voluntário é vital para a Associação. Num ano, são realizadas pelo menos três recepções de novos voluntários. Voluntários podem trabalhar nas seguintes "áreas": Comunicação (apoio), Projetos (sendo educadores e/ou propondo novos projetos) e Administração (apoio). Escolhidas as áreas onde desejam atuar, os/as voluntários/as já começam a trabalhar. Se o/a voluntário/a quiser trabalhar como educador/a, passará por um Programa de Treinamento.